关于明朝天启大爆炸的原因，专家们众说纷纭，除了“火药焚爆”、“地震”和“陨石坠落说”外，还有“飓风致灾”等观点。每一种说法都有自己的根据，但都无法全面解释所有的诡异景象。
1、地震灾难说：
据史料记载，京畿仅明代就大小震百余起。官方未明确此灾为地震所致，灾变前后如“大震一声”、“殿震”、“震撼天地”、“时息地震”、“震后”等种种迹象虽与地震均有诸多相符之处，但是在离震灾中心较近的建筑真如寺、承恩寺等均未受到多大破坏，这种情况是举世未见的；再者蘑菇状烟云也不是地震出现的现象；至于灾变中产生的巨大冲击波，在地震史上也少有先例。
所以是否存在“地震”还有争议。首先，缺乏明史支持。天启六年五月初六那天，如京城确有地震，钦天监及内外观象台一定要报告，否则会承担隐漏之罪，而且官方文书也无京师地震的记载。其次，缺乏确凿证据。“巨声带来了地面轻微震动”，用“蓟门地震”记载证明北京地震的做法，实在是不妥。
2、陨石灾难说
文献中“但见飙光一道，内有大光”，“烟尘障空，白昼晦冥”等记载与现今科学证实了的陨石坠落时会出现的情况很吻合。而且当陨石坠地时会发出巨大的震动、声响，这与记载中的“有声如吼”也一致。不过“陨石说”又难以解释爆炸发生之前出现的那些情况，以及为什么会将几吨重的大石狮子抛到数里之外。对于陨石坠落这样一件大事，在历来重视天文观测的中国，有专门的天文水利观测记录中却点滴未见，很难解释得通。
3、龙卷风灾难说
龙卷风是一种小范围的强烈旋风，寿命短，属于小尺度对流性天气系统。因此，龙卷风的发生必须具备对流性天气发生的条件。龙卷风具有很大的破坏力，所经之处，树木、房屋、农作物等都可能被席卷一空，撕得粉碎。但震后有人入京报告，西山飘来大量衣服挂于树梢，随风飘扬。昌平州教场中衣服成堆，器皿、首饰、银钱也落得满地都是。选择性地转移物品，没有人感觉到风的存在，说明灾难当时没有发生龙卷风或飓风。
